Le origini di Graffignana non sono certe; sicura è la presenza romana, certificata dai ritrovamenti archeologici. Attorno al 1300 i monaci Certosini bonificarono il territorio. Nel 1395 Gian Galeazzo Visconti, duca di Milano, dona molti suoi beni, fra cui Graffignana e San Colombano, alla fabbrica della Certosa, che vi signoreggia per oltre tre secoli.

L'unione fra lo stemma dei Bolognini-Sforza, proprietari di Graffignana prima dei certosini, (scacchiera rossa) e quella degli stessi monaci "Gra-car" (graziaerum-cartusie) diede origine allo stemma che ancora oggi contraddistingue il Comune di Graffignana.

Graffignana è situata ai piedi dei colli in pianura sul lato nord-ovest in territorio lodigiano, gli appuntamenti folcloristici-popolari di Graffignana risentono della tradizione agricola.